Los antibióticos generalmente no son necesarios. Sin tratamiento, la enfermedad puede permanecer durante un largo plazo.

Alrededor de 3 de cada 10 000 personas se ven afectadas anualmente y se produce más a menudo en varones que en mujeres. A menudo se produce en adultos jóvenes.

Presentación
Dos fístulas pilonidales que se han formado en la hendidura glútea
Los quistes pilonidales producen picazón y a menudo son muy dolorosos, por lo general ocurren en edades de 15 a 35 años, afectando con mayor frecuencia a los hombres.5​ Aunque habitualmente se encuentran próximos al coxis, también puede afectar al ombligo, las axilas o incluso al pene, aunque estas localizaciones son mucho más raras.

Los síntomas incluyen:
• Dolor/malestar o hinchazón en la piel próxima al pliegue interglúteo, entre las nalgas,
• Secreción en el área del coxis
• Inesperada humedad en la región del coxis
• Molestia al sentarse, hacer abdominales o montar en bicicleta (o cualquier actividad que sea sobre el área del coxis)
• Algunas personas con un quiste pilonidal son asintomáticos.

Causas
Una de las causas propuestas para el quiste pilonidal son los "pelos encarnados".​ No se piensa que los traumatismos puedan provocar estos quistes, aunque podrían inflamar alguno ya existente. No obstante se dan casos donde esto se puede producir meses después de una herida localizada en el área. Algunos investigadores han propuesto que los quistes pilonidales podrían ser el resultado de un hoyuelo pilonidal de carácter congénito. También podría contribuir a su formación un exceso de sudoración.

Esta afección estuvo ampliamente extendida en el ejército de Estados Unidos durante la Segunda Guerra Mundial. Más de ochenta mil soldados requirieron hospitalización. Se le llegó a llamar la "enfermedad de los conductores de Jeeps", debido a que muchos de los hospitalizados eran personal militar que pasaba largos trayectos en este tipo de vehículo, soportando botes (movimientos bruscos del vehículo) y un aumento de la presión que se irradiaba al coxis.

Tratamiento
El tratamiento puede incluir terapia con antibióticos, compresas calientes y aplicación de cremas depilatorias. En casos más graves, puede ser necesario punzar el quiste o tratarlo quirúrgicamente. La punción se realiza con anestesia local, con tiempo de curación generalmente de una semana.

Si el quiste no es muy profundo y no se ha extendido demasiado puede bastar con realizar una incisión (si ha supurado y el agujero es aceptable puede omitirse la incisión), realizar curas diarias y tratamiento con antibióticos durante un periodo de tiempo relativamente breve.

En los casos más severos, los quistes pueden precisar incisión y drenaje o escisión quirúrgica. Es posible que se necesite vendaje postquirúrgico, que habitualmente se reemplaza dos veces al día durante de 4 a 8 semanas. En algunos casos, es posible que se necesite un año para que se dé una granulación completa. En algunas ocasiones, el quiste se resuelve mediante marsupialización quirúrgica. En otros, los doctores optan por cerrar completamente el quiste, por lo que antes se deberán de asegurar durante la cirugía de limpiar bien la zona, para que no aparezcan conductos pilosos que puedan hacer que el quiste vuelva a aparecer. Para este último caso la anestesia utilizada normalmente es la anestesia intradural.

Una atractiva técnica mínimamente invasiva es tratar el sinus pilonidal con pegamento de fibrina. Esta técnica es menos dolorosa que las tradicionales, puede realizarse bajo anestesia local o general, no requiere vendajes o embalaje y permite regresar a las actividades normales dentro de 1 a 2 días. Los resultado a largo plazo y las tasas de recurrencia no son muy diferentes a las de técnicas más invasivas en 5 años de seguimiento en un pequeño ensayo controlado.